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中科院三亞深海科學與工程研究所科研園區坐落于鹿回頭西北角，為中科院南海海洋所海南熱帶海洋生物實驗站原址。

2011年年初在中科院黨組第一次會議上，中科院黨組面向國家需求，力圖填補我國南海海域研究的空白，決定在三亞設立研究機構——三亞深海所，其選址在南海海洋所的海南熱帶海洋生物實驗站。為落實中科院黨組的決定，2011年三亞深海所籌建組就入駐三亞，開始了前期的籌建工作，重點是啟動科研園區的基建工作。

經過一年多的努力，三亞深海所的基建工作在重重的困難中取得了重大突破。2012年5月三亞深海所成立了由籌建組副組長代亮牽頭，以綜合辦公室主任張忠為組長的交接工作組。在與南海海洋所、海南熱帶海洋生物實驗站相關負責人多次友好協商后，雙方就搬遷、賠償等相關事宜達成了共識，并簽署了《科研園區交接工作備忘錄》。2012年7月13日，交接工作順利完成。

科研園區交接工作的完成，使三亞深海所正式入駐科研園區，并開始獨立管理園區，這標志著三亞深海所科研園區的基建工作邁進了一大步，為后續的園區建設工作奠定了基礎。